Microbe(미생물)와 바이옴 Biome(생물군계)의 합성어로 장내 미생물이다. 다양한 질환 및 인간 몸속에 공존하는 미생물 유전 정보를 가지고 있다. 유럽의 MetaHit 프로젝트는 2010년 인간의 장에 서식하는 미생물의 유전자 카탈로그로서 마이크로바이옴을 발표했다. 그 결과 인간의 유전자보다 100배 많은 330만 개의 미생물의 유전자를 찾아냈다. 이들 미생물의 유전자는 두 번째 게놈으로 알려졌다. 마이크로바이옴은 장 건강뿐만 아니라 염증성 장질환, 아토피 피부염, 비만, 암, 뇌질환 등의 치료에도 활용될 것으로 기대되며 미국과 유럽 등에서 매년 수천억 원을 투자하고 있다. 2016년 미국의 버락 오바마 대통령의 임기 마지막 과학 프로젝트가 바로 '국가 마이크로바이옴 이니셔티브'였으며 2년간 1,390억 원의 예산을 투입했다.