여러 개의 아미노산들이 펩티드 결합으로 연결되어 만들어진 복잡한 구조의 단백질을 이해하기 쉽도록 작은 범위에서부터 큰 범위로 기준을 두어 4가지로 나눈 것들 중 두 번째 구조이다. 단백질 2차 구조는 단백질이 갖는 복잡한 입체구조의 전단계로서, 펩티드사슬이 접힌 구조를 나타낸다. 폴리펩티드사슬이 α나선구조로 되어 접혀져 있는가, β병풍구조로 되어 접혀져 있는가 등을 보며, 여기서 α나선구조와 β병풍구조가 2차 구조가 된다.