원자 1개의 질량을 가리키며 원자핵과 전자의 질량을 합한 전체 원자 질량을 의미한다. 하지만 전자의 질량은 매우 작기 때문에 일반적으로 원자핵의 질량과 같은 값을 갖는다. 원자핵의 질량은 양성자와 중성자를 합친 것에서 결합에너지를 뺀 것이며, 단위는 원자질량단위를 사용하며, 1원자의 질량단위(amu)는 1.66043×10^_-24g이다. 국제 기준이 정립되기 이전에는 산소의 원자질량을 기준으로 삼았으나 현재는 탄소(12)의 원자를 원자질량의 기준으로 삼고 있다.