[요약] 공기나 산소가 존재해야만 살 수 있는 미생물 호기성 미생물은 산소를 꼭 필요로 하는 미생물이다. 이러한 미생물은 산소가 풍부한 곳에서는 살지만 산소가 부족한 곳에서는 살 수가 없다. 혐기성 미생물은 반대이며, 환경적으로 호기성 미생물은 용존 산소량이 높은 상태에서 존재한다. 주로 상류나 폭포, 유속이 빠른 장소에 많으며 충분한 산소를 이용하여 유기물들을 분해하기 때문에 물이 깨끗하다. 그러나 유기물질이 다량 유입되게 되면 수중의 용존 산소량을 많이 필요로 하게 된다. 이와 같은 "호기성 미생물이 처리할 수 있는 산소의 양"을 생물학적 산소요구량(BOD)이라고 하며 BOD가 높다는 것은 결국에는 물이 많이 오염되었다는 것을 뜻한다. 호기성 미생물 중에는 이로운 것도 있으며, 일부 미생물들은 해로운 독성 물질을 내뿜기 때문에 어류나 수생식물 등의 성장을 저해하여 환경정화 면에서는 부정적인 영향을 끼치기도 한다.