단백질이나 펩티드의 펩티드결합을 가수분해하는 효소의 총칭. 단백질 분해효소라고도 한다.

동식물과 미생물의 세포 내외에 널리 존재한다.

대개는 분자량 2만~4만인 단순단백질로, 아미노산 배열이나 입체구조가 밝혀진 것이 많다.

폴리펩티드 사슬의 말단에만 작용, 아미노산 혹은 디펩티드를 차례로 유리(遊離)시키는 엑소펩티다아제(예 : 류신아미노펩티다아제 · 카르복시펩티다아제 · 디펩티딜펩티다아제)와, 내부에 작용해 여러 가지 크기의 펩티드를 유리시키는 엔도펩티다아제(예 : 펩신이나 트립신)의 2가지로 나누어진다.

또한 촉매작용에 필수인 아미노산 잔기(殘基)와 보조인자(補助因子)에 의해 세린효소 · 티올효소 · 금속효소 · 카르복시(산성) 효소의 4종류로 분류된다.

금속 효소의 금속은 아연이온(Zn²⁺)이나 칼슘이온(Ca²⁺)이다.

프로테아제는 각각 특이성을 가지므로 단백질 중의 특정 아미노산 잔기의 아미노기 쪽 또는 카르복시기 쪽의 펩티드결합을 쉽게 자르는 성질이 있다.

프로테아제는 단백질을 만드는 재료인 아미노산을 먹이 중의 단백질의 소화에 의해 섭취할 때, 반대로 세포 내외에서 불필요한 단백질을 제거할 때, 또는 효소를 비롯한 각종 생물활성을 가진 단백질과 펩티드의 전구체(前驅體)에서 불필요한 부분을 분리시켜 활성화할 때 등에 중요한 역할을 하고 있다.

예컨대 위액(胃液)의 펩신, 췌액(膵液)의 트립신 · 키모트립신 · 엘라스타아제, 세포내 소기관(細胞內小器官) 리소좀에 존재하는 각종 카텝신, 피브리노겐을 피브린으로 만드는 트롬빈 등이 있다.