「알로스테릭」이란 「입체적으로 서로 다르다」는 뜻인데도 알로스테릭효소는 다음과 같이 혼동되어 쓰이고 있다.

① 기질과는 입체구조가 서로 다른 물질(효과인자라고 한다)이 결합되어 반응속도가 변하는 효소. ② 효과인자의 결합에 의해 그 입체구조를 변화시키는 효소. 이 변화로 인해 기질과의 친화도가 변한다.

③ 반응속도를 기질의 농도에 대해 그래프로 표시할 때 S자형 곡선을 얻는 효소. 즉 기질의 농도에 따라 반응속도가 협동현상적으로 변하는 효소를 가리키는 경우도 있다.

현재 가장 널리 쓰이는 것은 ③의 정의이다.

효소에 따라서는 ①, ②, ③의 정의를 동시에 만족시키는 것도 있고 그 중 하나에만 해당되는 것도 있다.

또 ①의 정의도 반응속도가 미하엘 리스상수 K_m의 변화로 생기는 것, 최대값 V_max의 변화에 의하는 것, 두 가지가 혼합되고 있다.

이를테면 트레오닌아미노기이탈효소의 반응속도를 기질에 대해 그래프화하면 S자형 곡선을 얻는다.

이 때에는 호모트로픽한 알로스테릭효과라고 한다.

이것은 ③의 정의에 따른 것이다.

위의 효소에 또 이소류신(효과인자)을 가하면 S자형 곡선의 굽어지는 정도가 커져서 겉보기 미하엘리스상수 K_m은 증가한다.

이 때는 헤테로트로픽한 알로스테릭효과라고 하며 이것은 ①의 정의에 따르는 알로스테릭효과에 해당한다.

알로스테릭 효과인자는 대사의 최종 산물인 경우가 많다.

즉 최종 산물의 농도가 증가하면 그 효소의 반응속도가 감소하므로 세포 내의 대사 최종 산물의 농도가 일정하게 유지되도록 조절하고 있는 것으로 볼 수 있다.