생물학적 성질의 차이를 이용하여 세균을 감별 · 선택하는 배양기. 분리 배양기라고도 한다.

검사 재료에서 특정한 균을 분리하기 위해 사용하는 감별배양기의 예로 드리갈스키 배양기가 있다. 이 배양기는 청록색이며 티푸스균 · 적리균(赤痢菌)같은 젖당 비분해성(非分解性)의 병원균은 같은 청록색 집단을 형성하고 젖당 분해성의 대장균은 황색 집단을 형성한다.

일단 분리된 균을 감별하는 배양기는 크리글러 배양기 · 바르지코 배양기(펩톤수에 각종 당을 용해한 것) · 우유 배양기 등 여러 종류가 있다.