분자 내의 구조에 의해서 발생하는 것으로 분자구조가 대칭이면 무극성분자이고, 비대칭이면 극성분자이다. 분자내의 구조가 어느 한쪽은 양전하, 그 반대쪽은 음전하를 띠게 되는 경우. 극성물질은 극이 있는 물질이라서 서로 잡아당기는 힘이 세다. 그리고 끓는점도 높다. 물 분자는 굽은 구조로 되어 있기 때문에 각 결합의 극성이 서로 상쇄되지 않아 전체적으로 극성을 띄게 된다. 물 분자가 굽은 구조가 아닌 선형이라면 두 결합의 크기가 같고, 방향이 반대이므로 무극성이 될 것이다. 보통 물에 녹으면 극성물질, 물에 녹지 않으면 비극성물질로 구분할 수 있다.