척수(脊髓)와 대뇌(大腦)를 연결하는 줄기 모양의 구조. 뇌 전체에서 좌우의 대뇌반구 및 소뇌를 제외한 나머지 부분, 즉 간뇌·중뇌·교(橋)·연수를 합친 부분이다. 아래쪽은 연수가 척수로 이어지고 대뇌반구의 심부에 있는 대뇌핵(大腦基底核이라고도 한다)은 간뇌의 바로 옆에 접해 있으므로 흔히 이것도 간뇌의 일부로 간주한다. 따라서 뇌간이라는 말은 학문적으로는 애매한 편의상의 용어법이며, 학자에 따라서 포함시키는 범위가 약간씩 다르다. 뇌간에는 수많은 회백질이나 백질이 뒤섞인 복잡한 내부구조를 가지고 있으며, 대뇌반구나 소뇌·척수 등 각 부분과 밀접한 관련을 가지고 있으므로 뇌 전체의 기능에서 뇌간이 차지하는 비중은 대단히 크다.