최근에 과학자들은 지구 상의 모든 생물을 진정 세균, 고세균, 진핵 생물의 세 가지 큰무리로 나누기도 한다. 이 생물들의 계통수는 아래 그림과 같다. 하나의 줄기에서 진정 세균, 고세균, 진핵 생물이 갈라져 나오고, 그 후에 진핵 생물이 원생생물, 균류(곰팡이), 식물, 동물로 나뉜다. 진핵 생물은 핵이 있는 생물을 말하며 동물, 식물, 곰팡이와 원생생물이 여기에 속한다. 이 중에서 동물, 식물, 곰팡이는 여러 개의 세포로 이루어진 다세포 생물이고, 원생생물은 하나의 세포로 이루어진 단세포 생물이다.

진정 세균과 고세균은 핵이 없는 원핵생물이다. 진정 세균은 단세포 생물로 다른 생물에 질병을 일으키는 종류도 있지만 어떤 세균은 김치나 치즈를 만들 때 사용되기도 한다. 고세균은 생물들이 살기 어려운 뜨거운 온천이나 염분 농도가 높은 환경에서 산다.