복수의 염색체가 같은 염색체 상에 있으면 같이 유전되는데 이 현상을 연관이나 연쇄라고 한다. 고등생물은 유전자 사이의 공간이 충분히 넓게 분포되어 있어 염색체의 재조합이 일어나기 쉬워 완전한 연관 현상은 잘 일어나지 않는다. 하지만 같은 염색체상에 있어도 상동염색체 간의 교차에 의해 유전이 따로 일어나는 경우가 있는데 이 때문에 연관이 일어나지 않는 경우는 교차가 일어나는 비율을 이용하여 유전자 서열의 해독 없이도 유전자 지도를 그릴 수 있다. 연관은 2개의 염색체의 거리가 길어질수록 잘 일어나지 않는다.