세포 내에 존재하고 있는 여러 가지 기관들을 말한다. 체내에 생물이 활동하고 살아가는 데 필요한 여러 가지 기능을 하는 기관이 존재하듯이, 세포 내부에도 세포들이 활동하고 살아가는 데 필요한 여러 가지 기능을 하는 기관이 존재한다. 막 형태의 구조를 형성하는 소기관들과 막 형태의 구조가 없는 소기관들로 나누어져 있고, 핵, 염색체, 골지체, 미토콘드리아 등이 이에 속한다.