생물 전체의 체제나 기관의 단순화·축소·소실. 일반적으로는 계통발생(진화) 과정에서의 퇴행적 변화를 말하는데, 이 경우 퇴화도 진화의 일환으로 이해해야 한다는 관점에서 퇴행적 진화라고도 한다.

개체발생 과정에서 퇴행적 변화, 예컨대 올챙이에서 개구리로 변태할 때 꼬리가 소실되는 과정에 대해서도 퇴화라는 말을 쓸 수 있다.

진화에서의 퇴화의 예로는, 체내 기생충의 소화기관이나 감각기관의 퇴화, 동굴 등 암흑조건에서 사는 동물의 눈이나 체표색소(體表色素)의 퇴화 등이 잘 알려져 있다.

이와 같이 일반적으로 새로운 환경에 적응해 필요없게 된 기관이나, 그것이 존재하면 오히려 불편해지는 기관에서 퇴화를 볼 수 있다.

암흑조건에서 눈은 불필요할지 모르나 기능적인 눈이 있다고 해서 생존에 불리하다고는 할 수 없는데, 생물이 자기 자신을 만들기 위해 사용할 수 있는 물질이나 에너지에 한도가 있으면, 그 범위내에서 효율적인 몸을 만들 필요가 있으므로 불필요한 기관을 남겨두는 것은 불리하게 될지도 모른다.

기생충의 경우, 생식기관의 비정상적인 발달도 소화기관 등의 퇴화로 가능하다고 말할 수 있다.

전체적인 적응을 높이기 위해 몸의 작은 부분의 퇴화가 일어나는 일도 많이 볼 수 있다.

예컨대 진화에 따라 말의 발가락 수가 감소하는 것은 발가락 편에서 볼 때는 분명히 퇴화이지만, 다리 전체로 보면 달리는 일에 보다 적응한 형태로 된 것이다.