DNA(디옥시리보핵산)나 단백질 등 생체고분자의 진화에 관여하는 돌연변이의 대부분은 자연석택과 거의 무관(중립)하다는 학설. 화학진화의 뜻으로도 쓰인다.

각종 생물의 DNA의 염기배열(鹽基配列)이나 헤모글로빈 · 시토크롬 C 등 단백질의 아미노산 배열을 비교 검토해 이들 분자의 구조변화의 면에서 생물진화를 탐구하는 분자진화의 연구가 1960년대 이후 급속히 발전했다.

구조변화의 대부분은 염기쌍 빛 아미노산의 치환인데, 중복 · 결실(缺失) 등도 일어난다.

분자 수준에서의 진화의 속도, 즉 염기쌍의 치환이 일어나는 속도는 단백질에 따라 다르고, 단백질 중에서도 기능상 중요한 부위에서는 더디며 그렇지 않은 부위에서는 빠르다.

그러나 같은 단백질을 여러 계통에서 비교해 보면 그다지 차이가 없고 일정한 속도로 진화한다.

이 분자진화의 기구(機構)로서 치환의 대부분은 자연선택에 의해서가 아니라, 선택에 유리하지도 불리하지도 않은 중립의 돌연변이가 기회적 부동(機會的浮動)에 의해 집단 속에 축적 · 고정됨으로써 일어난다는 설이 기무라(木村資生, 1968)와 J. L 킹 및 T. H. 주크스(1969) 등에 의해 제창되었다.

이 중립설을 킹 등은「비(非)다원적 진화(non-Darwinian evolution)」라고 표현했다.

당시 집단유전학에서 그 때까지의 유전적 하중(荷重)의 이론과 상반될 만큼 많은 다형적(多型的) 아이소자임(isozyme ; 동질효소) 변이가 발견되어 있었다는 사실이 이 학설의 역사적 배경을 이룬다.

중립설은 그들 다형(多型)도 중립돌연변이와 기회적 부동에 의해 유지될 수 있다고 설명한다.

이 설은 생물의 기능이나 형태의 변화라는 진화의 면에서 자연선택이 맡고 있는 역할을 부정하는 것은 아니다.

염기쌍이나 아미노산 배열의 변화라는 분자 수준에서의 진화에서는, 자연선택으로 인한 변화보다 중립적인 돌연변이가 기회적 부동에 의해 고정적으로 생기는 변화가 수적으로 많다는 견해이다.