개체를 특정짓는 동종(同種)항원. 유전적으로 결정되어 있으며, 이식(移植)에서의 적합성에 관여한다.

많은 조직적합항원이 발견되어 있는데, 모두가 강한 거부반응을 일으키게 하는 것은 아니다.

가장 강한 거부반응을 일으키게 하는 것을 주요조직적합항원이라고 하며, 고등동물에 널리 그 존재가 확인되어 있는데, 쥐의 H-2항원, 사람의 HLA항원(백혈구항원. 1958년 J. 도세트가 발견했다)이 대표적인 것으로, 구조와 기능면에서 클래스 I항원과 클래스 II항원으로 대별된다.

클래스 I 항원(HLA-A, HLA- B, RLA-C항원, H-2K, D항원)은 분자량 1만 2,000인 -미크로글로불린과 분자량 4만 5,000인 사슬이 비공유결합한 당(糖)단백질인데, 모든 유핵세포막의 표면에 표현되어 있다.

클래스II항원(HLA-D, HLA-DR항원, la항원)은 분자량 3만 5,000인 사슬과 분자량 2만 8,000인 사슬이 비공유결합한 당단백질이며, 주로 B세포(B림프구) 및 매크로파지에 표현되어 있다.

클래스 I 항원의 사슬, 클래스II항원의 사슬 및 사슬의 유전자는 주요조직적합유전자복합체(major histocompatibility complex ; MHC)라는 일련의 유전자 영역에 존재하는데, 마우스에서는 제17염색체의 H-2유전자 영역에, 사람에서는 제6염색체의 HLA영역에 위치한다.

클래스I항원은 바이러스에 감염한 세포를 제거하는 기능을 갖는 세포상해성(傷害性) T세포의 유도 및 작용에 중요한 역할을 한다.

클래스II항원은 면역응답유전자의 유전자 산물이기도 하므로 항체 생산계통의 면역응답성을 지배하며, 면역담당세포간의 상호작용에서 항원과 함께 인식된다는 중요한 역할을 맡고 있다.

사람의 경우, 특히 면역이상에 기인하는 질환자에서 특정의 HLA 클래스II항원의 빈도가 증가하므로, 이것이 면역응답성의 개체차의 형성을 통해 질환감수성의 개체차를 형성하는 것으로 추측된다.

이처럼 주요조직적합 항원은 자기를 비자기로부터 구별하는 표지로 면역계에서 인식되어 생체에 생긴 외인성(外因性) 또는 내인성의 변화로부터 생체를 방어하는 기구(機構)에서 중요한 역할을 한다.

신장 혹은 골수 등을 이식할 때 주요조직적합항원의 일치율이 높을수록 이식장기의 생착률(生着率)은 높아진다.