생물이 어미 없이도 생길 수 있다는 학설. 예컨대 썩은 고기에서 구더기가 생기고, 축축한 땅에서 개구리나 쥐가 생긴다는 생각은 예부터 소박한 신념으로서 널리 펴져 있었다.

그와 함께 이 세계에는 생명의 요소(배종(胚種))가 널리 퍼져 있어, 그것에 의해 무기물이 조직적으로 결합되어 생물이 된다는 생기론적 세계관과 결부한 자연발생설도 존재했다.

자연발생설을 둘러싼 근대의 논쟁은 이 생기론적 세계관과 기계론적 세계관의 대립이었다.

자연발생설을 실험적으로 처음 부정한 사람은 17세기 이탈리아의 F.레디이다.

그는 고기를 넣은 용기를 헝겊으로 덮어두면 구더기가 생기지 않으며, 파리가 알을 낳아야 구더기가 생긴다는 것을 제시했다.

그 후 생물의 복잡한 구조가 분명해지면서 고등생물의 자연발생을 믿지 않게 되었다.

그러나 그 무렵 A. van. 레벤후크가 미생물의 존재를 확인함에 따라 문제는 미생물의 자연발생으로 옮겨갔다.

이 논쟁은 19세기 후반에 L. 파스퇴르가 플라스크를 이용한 교묘한 실험으로 미생물의 자연발생은 공기중의 포자가 침입한 결과임을 증명함으로써 일단락되었다.

그러나 지구의 발전과정에서 최초로 생긴 생명의 자연발생 가능성까지 부정되는 것은 아니다.