세포체를 구성하는 원형질 중에서 핵질 이외의 부분. 일반적인 세포에는 세포질의 가장 바깥층은 세포막으로 분화한다.

그 내부는 광학현미경적으로는 과립을 함유하지 않고 투명하며, 졸과 겔의 전환성이 있고, 비교적 점성(粘性)이 높은 바깥가장자리의 외질(外質)과 과립을 함유하고 유동성이 풍부하며, 세포질의 대부분을 차지하고 있는 내질(內質)로 되어 있다.

세포질에는 여러 가지 세포소기관과 과립이 존재하며 각기 그 특유의 기능을 영위한다.

이러한 여러 가지 구조를 구별해 보면 첫째로 막성(膜性) 구조로서 소포체 · 골지체 · 리소좀 · 미소체(microbody) · 액포계(系) · 미토콘드리아 · 엽록체 · 메소좀 등이 있으며, 둘째로 과립성 구조로서 리보솜 · 글리코겐 과립 · 색소립 · 지방적(滴) · 결정체 등이 있다.

또한 섬유성 구조로서 들 수 있는 것은 미세소관 · 중심체 · 섬모 · 편모 · 미소섬유 등이 있다.

그리고 이 여러 가지 구조물 사이가 전자현미경적으로는 균질(均質)이고 무(無)구조로 보이나 대부분의 효소와 그 외의 단백질을 함유하는 액상의 세포질 기질이 차 있다.

또한 광학적(光學的)으로는 보통 등방성(等方性)을 나타내고, 태양충류와 방산충류의 실 모양의 위족(僞足), 특수한 조건 예를 들어 성게의 알을 원심분리했을 경우나 식물세포를 저온에 보관하는 경우 등에는 이방성(異方性)을 나타낸다.

pH는 식물이 5~6, 동물이 7~8이다.