같은 집단 · 지역이지만 환경조건이 다른 장소에서 생활하며 격리되어 있는 종(種). 서식장소의 격리로서 환경적 격리라고도 한다.

유전적 조성의 차이에 따라 서식장소가 선택된다고 하는 관점에서 생식적 격리의 하나이다.

생식적 격리와 대응되는 지리적 격리에서도 유전적 교류가 저해받지만 유전적 차이는 결과로서 나타난다.

생태적 격리에서는 유전적 차이가 원인으로 작용한다.

다시 말하면 어느 종의 한 무리는 다른 것과 생태적 요구가 달라 다른 서식장소를 가지게 되며 그 결과 격리된다.

예를 들면 같은 속에 속하는 식물이 같은 지역에서 어떤 종은 양지에서 또 다른 종은 음지에서 생활하는 경우가 있다.

경계에는 2종이 섞여 자라며 잡종은 거의 생기지 않는다.

드물게 생긴 잡종은 임성(稔性)이 높지만 각종의 생태적 조건에 대한 선택성이 강하기 때문에 각기 독립성을 잃지 않는다.