일반적으로 단백질과 그 가수분해의 중간생성물에 작용하여 펩티드 결합(>CO-NH- 또는 >CO-N<결합)의 분해를 촉진하는 가수분해효소, 즉 펩티드가수분해효소의 총칭이다.

단백질을 효소에 의해 완전히 가수분해할 때는 단백질의 펩티드 사슬의 중간에 작용하는 것 (펩티딜펩티드가수분해효소), 펩티드 사슬의 아미노기를 가진 말단에 작용하는 것(아미노아실펩티드가수분해효소), 펩티드 사슬의 카르복시기를 가진 말단에 작용하는 것(펩티딜아미노산가수분해효소), 또는 생긴 디펩티드에 작용하는 것(디펩티드가수분해효소) 등이 필요하다.

이들을 총칭하여 단백효소라고 한다.

동물이 섭취한 단백질은 소화관 안에서 이들 효소의 작용을 받아 아미노산으로까지 분해 흡수 된다.

단백효소에 포함되는 여러 가지 효소는 각 특이성을 이용하여 단백 구조의 연구에 이용된다.