단백질에 직접 작용하여 펩티드 결합을 분해하고 단백질을 알부모오스 · 펩톤 등의 폴리펩티드로까지 분해하는 효소. 동식물의 조직 또는 그 세포에 널리 들어 있다.

소화효소로서도 중요한 구실을 한다.

펩신 · 트립신 · 키모트립신 · 파파인 · 피신 · 브로멜라인 · 수브틸로펩티다아제 A, 아스페르길로펩티다아제 A, 클로스트리디오펩티다아제 A(콜라게나아제) 등을 얻을 수 있으며 일부는 그 단백질 구조도 밝혀졌다.

이들은 작용하는 pH, 특이성이 각기 다르다.

예를 들어 펩신은 주로 두 방향족 아미노산 사이의 펩티드 사슬을, 트립신은 리진 · 아르기닌의 카르복시기 쪽의 사슬을 절단한다.

수브틸로펩티다아제 A와 같이 특이성이 엄밀하지 않고 단백질을 거의 아미노산이나 작은 펩티드로까지 가수분해하는 것도 있다.

트립신 같이 특이성이 엄밀하고 분명한 것은 단백질 분자를 일정한 장소에서 절단하므로 단백질의 구조 연구에 필요하다.