세균의 학명이나 분류상의 위치를 파악하는 데 기준이 되는 균주. 동 · 식물을 분류할 때의 기준표본에 상당한다.

세균 등을 분류 · 동정(同定)할 때는 생리학적 · 생화학적 특성이 중요시되는데, 이러한 성질을 시험하기 위해서는 순수 분리된 다수의 신선한 균주를 사용해야 한다.

따라서 분류의 기준이 되는 균주도 역시 순수 분리되고 살아 있는(분열 가능한) 상태에서 보전될 필요가 있다.

기준 배양균주 중에서 원기재(原記載)를 한 저자(著者)가 실제로 분리하거나 또는 사용한 균주에서 영양증식에 의해 얻어 보전한 것을 정기준(正基準, holotype)의 배양균주라고 한다.