진핵세포는 원핵세포의 공생에 의해 만들어졌다는 설. 세포공생진화설이라고도 한다.

이 설은 예부터 있었지만 마그리스가 제장하고부터 주목을 끌게 되었다.

진핵생물인 미토콘드리아는 호기성(好氣性) 원핵세포, 엽록체는 광합성능이 있는 시아노박테리아(남조를 가리킨다), 편모는 스피로헤타가 세포와 공생하고 있는 동안에 세포 안으로 들어가서 세포내 기관이 되었다는 설이다.

미토콘드리아나 엽록체는 독자적인 DNA를 가지며 단백질합성도 독자적으로 한다.

그 단백질합성은 원핵생물과 마찬가지로 스트렙토마이신·클로람페니콜·테트라사이클린으로 저해되는 등 생화학적으로는 이 설을 지지하는 실험 결과가 많다.