특정 지역에만 분포하는 생물종. 일반적으로 특산종과 같다.

지리적인 격리(隔離)가 원인이 되어 발생한다고 추정되며 고유종이 한 지역의 생물 중 차지하는 비율은 그 지역, 특히 섬이 인접 육지에서 분리된 시기를 판단하는 자료가 된다.

오스트레일리아와 브라질에는 고유종이 많이 남아 있다.

대개 전파나 이동능력이 약한생물(육산 조개 등)일수록 국지적인 고유종이나 고유형이 되기 쉽다.

고유종은 두 종류로 나눌 수 있다.

① 신고유종(新一) : 어떤 지역에서 분화하여 아직 그 분포지역을 넓히지 못한 것.

② 유존고유종(遺存一) : 예전에는 널리 분포했지만 어떤 원인으로 분포지역이 축소되고 제한된 것. 중국대륙의 고유종인 은행나무와 왜금송 등은 유존고유종이다.