성을 결정하는 염색체로 수컷의 성질을 결정하는 염색체로 X 염색체와 쌍을 이루고 있는 염색체다. Y 염색체는 X 염색체와 쌍을 이루고 상동염색체처럼 행동하기 때문에 교차가 일어날 수도 있다. Y 염색체는 암컷에서는 볼 수 없고 수컷에서만 볼 수 있기 때문에 아버지로부터 전이되는 염색체다. 또한 Y 염색체는 성결정성이 우수해 X 염색체가 여러 개 있더라도 Y 염색체가 1개라도 있으면 수컷이 되는 경우가 있다. 이 염색체는 1개로 제한되지 않고 여러 개가 될 수 있는데 Y 염색체를 2개 갖고 있는 남성은 키가 크고 다리가 길어지는 특징을 보인다.