단백질의 펩티드결합을 가수분해 하여 아미노산이나 펩티드를 만드는 단백질 가수분해과정을 도와주는 분해 효소를 말한다. 단백질의 가수분해 후 아미노산이나 펩티트를 만들기 때문에 모든 단백질 분해효소를 아미노산과 펩티드의 혼합물 생성제라고도 한다. 대표적인 예로 엔도펩티다아제(endopeptidase)와 엑소펩티다아제(exopeptidase)가 있다.