고분자의 가수 분해 중 하나로 단백질은 여러 개의 아미노산이 펩티드 결합으로 이어져 있는데, 단백질의 펩티드 결합을 가수분해로 끊어 아미노산과 펩티드로 만드는 과정이다. 이 과정을 진행하기 위해서는 도와주는 효소가 필요한데, 대표적인 예로 엔도펩티다아제(endopeptidase)와 엑소펩티다아제(exopeptidase)가 있다. 단백질의 가수분해는 매우 중요하다. 왜냐하면 우리가 밥을 먹을 때마다 항상 일어나는 현상이기 때문이고 또한 우리는 항상 단백질을 섭취하면 몸에서는 가수분해 반응으로 작은 단위인 단당류로 흡수하기 때문이다.