모든 동물을 명명하고 기재한 후 분류하며, 분류의 이론적 근거를 밝히는 학문. 체계적인 동물 분류는 그리스의 아리스토텔레스의 분류에서 시작되었다. A. 체살피노는 생물학적 종의 개념의 선구자가 되었으며, 17세기에는 현미경의 발달로 미세한 크기의 동물도 분류가 가능하게 되었다. 분류학에 가장 많은 영향을 끼친 사람은 스웨덴의 C. von 린네이다. 그는 「분류학의 아버지」라 불리는데, 분류에 필요한 분류학적 단계(강 · 목 · 과 · 속 · 종 · 변종)를 설정하고 명명방식을 확립했다. 1800년대에 라마르크는 생물계는 하등류에서 고등류까지 하나의 선으로 이루어진다는 설과는 달리 나무 모양으로 발달한다고 하여 계통수(系統樹)의 개념을 도입했다. 60년대가 되면서 C. R. 다윈의 자연선택설(1858)과 《종의 기원》(1859)의 영향으로 진화사상이 확립되었고, 이로써 생물의 종들은 공통조상에서 유래하며 모든 생물은 유연관계를 가진다는 사상이 분류학에 적용되었다. 그 결과 계통탐구적 분류가 이루어졌으며 비교형태학 · 비교발생학과도 많은 연관을 갖게 되었다. 20세기에는 의학 · 생태학 · 집단유전학의 발달로 종내(種內)의 집단을 연구하고 비교하는 집단분류학이 생겼다. J. S. 헉슬리는 특히 이를 신분류학이라 했다. 제2차 세계대전 후에는 컴퓨터를 이용한 수량(數量)분류학이 1957년경부터 스니스 등에 의해 발달했고, 생화학적 기술인 전기영동법(電氣泳動法)도 적극 도입하여 분류에 이용했다. 비교행동학도 분류학에 도입되고 있다.