어떤 균이나 세균을 분리하여 거듭 배양을 할 때 그 계통을 균주라고 한다. 균이나 세균 등을 분리해서 특정한 하나의 개체만을 가지고 그 개체가 잘 성장할 수 있는 특정한 배지를 만들어 순수 배양하고, 계속해서 그 개체들을 배양을 할 때, 그 계통이 균주 계통이 되며, 각 개체를 균주라고 한다. 쉽게 말해 하나의 개체를 분리해내어 배양시켰을 때 생겨나는 개체 하나하나를 말한다. 분류학상으로는 목, 과, 속, 종의 하위에 속한다.