① 분자식은 같으나 구조식이 다르기 때문에 생기는 이성 현상. 여러 가지 종류가 있다. ㉠ 탄소 사슬 구조의 차이에서 생기는 것 : n-부탄과 iso-부탄 ㉡ 위치 이성, 즉 치환기의 위치 차이에서 생기는 것 : 디클로로벤젠의 오르토(o-) · 메타(m-) · 파라(p-)형 · n-프로필알코올과 iso-프로필알코올 ㉢ 관능기(官能基) 이성, 즉 관능기의 차이에서 생기는 것 : 에틸알코올과 디메틸에테르 ㉣ 메타 이성, 즉 이중결합 또는 삼중결합의 위치의 차이에서 생기는 것 : 부틸렌과 부틸렌 ㉤ 핵 이성(核異性), 즉 고리를 형성하는 원자 사이의 결합의 차이에서 생기는 것 : 칸판과 피난 ㉥ 고리 이성, 즉 하나의 고리 속에 들어 있는 특정원자에 대한 상대적 위치 차이에서 생기는 것 : 이미다졸과 피라졸, 또한 무기화합물에 있어서는 원자단이 결합하고 있는 모양의 차이에서 생기는 이성 현상을 말하며, 염이성(鹽異性)이라고도 한다. 예를 들어 [Co(ONO)(NH)]Cl2 (황갈색) 및 [Co(ONO)(NH)]Cl2 (적색)에서 전자의 경우는 Co와 N이 결합하고 있으나 후자의 경우는 Co와 O가 결합하고 있으며 이들은 염이성을 이루고 있다. ② 착화합물에 있어서 구조이성질체현상은 리간드의 구조가 다른 현상으로서 [Hg(SCN2){SC(NH2)2}2]와 (NH4)2 [Hg(SCN)4]가 그 예이다. 또 염(鹽)이성질체현상을 말할 때도 있다.